分析选项中这些物质之间的关系：绝大多数酶是蛋白质，少数酶的化学本质是RNA；部分激素的化学本质是蛋白质；脂质包括脂肪、磷脂和固醇，固醇有包括胆固醇、性激素和维生素D。

A、②是脂质，④是蛋白质，如果③代表酶，酶的化学本质是蛋白质或者RNA，所以③代表酶不合适，A错误；

B、维生素有脂溶性的维生素，也有水溶性的维生素，所以①维生素部分属于②脂质，③性激素属于脂质，④有些激素的化学本质是蛋白质，⑤绝大多数酶是蛋白质，B正确；

C、绝大多数酶是蛋白质，只有少数的酶是RNA，所以①代表酶，②代表蛋白质，其中①的椭圆绝大部分应该在②内，C错误；

D、③维生素的化学本质不是蛋白质④，D错误．

故选：B。